Estos nuclis depenien de la vila d’Alzira, una de les més importants del Regne de València. Formaven part del seu terme municipal igual que altres poblacions (Algemesí, Guadassuar, etc.). Esta situació de dependència va perdurar durant tota l’edat mitjana i part de l’edat moderna (fins al segle XVI). És per això que apareix en els documents d’esta manera: “Lloc de Carcaixent, terme i aldea de la Vila d’Algecira”. L’any 1348, la Guerra de la Unió va afectar les alqueries, i Carcaixent i Cogullada van ser cremades.
L’edat moderna va ser l’etapa més brillant, en què la localitat va aconseguir la seua independència. A principis del segle XVI, l’any 1521, era un dels principals nuclis agermanats, s’hi produïen lluites en els seus carrers. Tingué lloc un gran creixement econòmic a causa, sobretot, del cultiu de la morera i del comerç de la seda. Paral·lelament, es va produir un gran creixement demogràfic, continuant el procés de concentració de població i intensificat, a més, per causes climàtiques (fortes inundacions). Esta localitat es troba més elevada geogràficament i tindria segurament un gran poder d’atracció. També allí es va traslladar la parròquia de Ternils (1572). I és en eixe moment, al separar-se d’Alzira, quan va assumir l’autonomia. El monarca Felip II va donar a Carcaixent el títol d’Universitat (1576) i poc després el títol de Vila Reial, amb dret de vot en les Corts Valencianes, per mitjà de privilegis reials i després del pagament de substanciosos donatius a la Corona.
En el segle XVII es realitza una obra de gran transcendència per a Carcaixent: la Reial Séquia de Carcaixent, construïda entre 1654 i 1679, amb l’autorització del rei Felip IV, que arreplega les aigües del riu Xúquer des del terme de Sumacàrcer i es ramifica en tres quan arriba al terme de Carcaixent. Gràcies a esta obra, es van posar les bases per al posterior desenvolupament econòmic d’esta Vila Reial en el segle XVIII. En l’actualitat, la séquia (amb els seus tres ramals de la Vall, de la Coma i de Sant Roc) abastix d’aigua 1.361 hectàrees de regadiu tradicional, segons xifres oficials, en la zona oest del terme, gràcies al seu cabal de 3,2 metres cúbics per segon.
En el segle XVIII es va produir un gran desenrotllament tant econòmic com demogràfic. Carcaixent era el principal nucli de la seda en la comarca. Va tindre lloc l’abolició dels Furs o Lleis del Regne de València; però el suport de la vila al legítim rei Felip V en la Guerra de Successió li va valdre diversos privilegis i gràcies.
Pel que fa a l’agricultura i economia, va ser fonamental la introducció del taronger, que va revolucionar l’agricultura i va marcar la seua posterior evolució. L’any 1781, mossén Monzó i els seus amics, Maseres i Bodí, van plantar els primers camps de tarongers en la partida de la Bassa del Rei. El taronger va anar implantant-s’hi des de final del segle i substituint altres cultius, fins a convertir-se en predominant. En el segle XIX va començar a exportar-se la taronja a gran escala.
La Guerra de la Independència va afectar la localitat. Hi va tindre lloc una batalla en què va nàixer la llegenda de la “Marqueseta”, Mª Antonia Talens Mesquita (1783-1858). El ferrocarril de València a Xàtiva va arribar l’any 1853, i en 1864 va començar a funcionar el tramvia Carcaixent-Gandia-Dénia.
Al setembre de l’any 1911, els successos causats per la vaga contra la Guerra d’Àfrica van produir un amotinament que va acabar amb la crema de l’Ajuntament.
L’any 1916, se li va concedir el títol de ciutat.
